Pamatojoties uz iepriekš minēto enzīmu lietojumu kontekstu farmaceitiskajā sintēzē, fermentu katalizatori saskaras ar dažādiem ierobežojumiem praktiskajā ieviešanā. Galvenās problēmas ir šādas:
Būtiskas stabilitātes problēmas
Tā kā fermenti ir olbaltumvielas, tie ir ļoti jutīgi pret ārējiem apstākļiem, piemēram, temperatūru, pH un jonu stiprumu. Tie viegli denaturējas un zaudē aktivitāti augstā{1}}temperatūras vai ekstremālā pH vidē. Līdz ar to parastajiem brīvajiem enzīmiem ir īss glabāšanas laiks un darbības ilgums, kas apgrūtina to stingro darbības nosacījumu izpildi, kas nepieciešami noteiktām rūpnieciskām reakcijām.
Pielietojuma jomu ierobežo specifika
Fermentu augstā substrāta specifika ir abpusēji{0}}griezīgs zobens; tie darbojas tikai ar noteiktiem substrātiem vai reakcijām un nevar pielāgoties sarežģītiem sintēzes scenārijiem, kas ietver vairākus substrātus vai reakciju veidus. Procesos, kuros nepieciešamas daudzpakāpju tandēma reakcijas, bieži vien ir jāizmanto dažādi fermentu preparāti, kas ievērojami palielina procesa sarežģītību.
Augstas ražošanas un lietošanas izmaksas
Fermentu ekstrakcija un attīrīšana ir sarežģīti procesi, kas padara augstas{0}}tīrības, rūpnieciskas kvalitātes-enzīmu ražošanu sarežģītu un dārgu. Turklāt parastos brīvos enzīmus bieži ir grūti atdalīt no produktiem ūdens reakciju sistēmās, un tos parasti izmanto vienreizējai lietošanai, vēl vairāk palielinot kopējās ražošanas izmaksas.
Jutība pret traucējumiem un sarežģīta pakārtota apstrāde
Fermentu aktivitāti viegli apdraud piemaisījumi, piemēram, smagie metāli un inhibitori, savukārt fermentu piesārņošana reakcijas sistēmā var izraisīt neparedzētas blakusparādības. Turklāt fermentu un produktu maisījums būtiski palielina darba slodzi pakārtotā produkta atdalīšanai un attīrīšanai, un vieglā ūdens reakcijas vide ir pakļauta mikrobu piesārņojumam.
